Malgré sa défiance pour la théorie, la recherche scientifique de Goethe n’est pas allée sans un soin tout particulier porté à la méthode qu’elle devait mettre en œuvre. Précisément parce qu’il fallait rendre compte du phénomène dans sa diversité et dans sa totalité, il importait de réfléchir aux moyens qui assureraient la réussite d’une telle démarche. Pour Goethe, il s’agissait de mettre en œuvre un concours harmonieux des différentes facultés de l’esprit humain, seul capable de répondre à la richesse du réel tel qu’il se manifeste à nous, et donc seul capable de fonder adéquatement une démarche expérimentale en science.