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Cet article se concentre sur le débat concernant la question de savoir si et, le cas échéant, de quelle manière la métaphysique doit être acceptée à côté de la science. On examine certaines objections récentes lancées, entre autres, par Bas Van Fraassen, contre la métaphysique entendu comme une entreprise autonome et intelligible digne d’être menée à bien. Des réponses à ces objections sont formulées. On présente ensuite de manière plus détaillée une métaphysique basée sur la science: on définit celle-ci essentiellement comme une étude a priori d’un espace de possibilités, ce qui requiert que la métaphysique soit pour ainsi dire « étoffée» sur la base de la science, mais qui la rend en même temps nécessaire pour l’interprétation, et donc la compréhension correcte, de la science elle-même. Le cadre résultant met en question l’idée que le naturalisme implique nécessairement l’élimination de la métaphysique ou sa réduction ontologique/méthodologique à la science.